En 1928 se llevan a cabo obras de reforma y saneamiento en el Santuario de África. Con ocasión de una visita del Alcalde José E. Rosende y Martínez y el arquitecto municipal José Blein Zarazaga a dichas obras, se encuentran en la cripta del Santuario, en lamentable estado de abandono, un Crucifijo que les llama poderosamente la atención. Con la autorización pertinente del párroco D. Bernabé Perpén Rodríguez, se procede a la limpieza de la imagen, pudiéndose apreciar que se trataba de una talla de gran valor artístico.

En este momento se incia la historia de esta hermandad, ya que Alcalde y Arquitecto, ahora en estrecha unión con Alfredo Meca y Romero, entonces presidente de la Asociación de Empleados y Obreros Municipales, coincidieron en la idea de reponer al culto la imagen del Santo Crucifijo.

En sesión celebrada el 28 de junio de 1928 la Asociación nombra al Cristo de la Vera Cruz Patrón de los Empleados Municipales, erigiéndole altar en el Santuario de África. En 1931 se constituye la hermandad, realizando su primera salida procesional en la madrugada del Jueves Santo de ese mismo año, denominándose Procesión del Silencio.

En 1951, la Hermandad se reorganiza, incluyendo como nueva titular a la Santísima Virgen bajo la Advocación de Nuestra Señora del Desamparo. La imagen, encargada al valenciano Rabassa Pérez, fue bendecida el 30 de marzo de 1951 saliendo procesionalmente ese mismo año tras el Cristo de la Vera Cruz, trasladando la procesión de la madrugada del Jueves Santo a la tarde noche del Martes Santo. Un año más tarde, en 1952 se aprueban nuevos estatutos.

Gracias al patrocinio municipal, la cofradía nunca faltaba a su cita en Semana Santa. Pero en 1989 la situación se hace insostenible, suspendiéndose la salida procesional. Tras un paréntesis de seis años, en 1995 recorre de nuevo las calles ceutíes, esta vez en la madrugada del Viernes Santo, recuperando su primitivo carácter de hermandad de silencio.

Actualmente procesiona el Señor de la Vera Cruz y a sus pies Nuestra Señora del Desamparo en la tarde-noche del Jueves Santo.